Menindak lanjuti Laporan Hasil Pemeriksaan keuangan daerah oleh BPK yang menyatakan ada 34 temuan dan 59 rekomendasi dalam pelaksanaan program pemerintahan DIY maka pada hari sabtu (12/6) dibahas oleh anggota pansus dan inspektorat yang terkait dengan 34 temuan dan 59 rekomendasi yang di sampaikan oleh BPK RI yang sebenarnya temuan-temuan tersebut saat ini sudah dalam proses tindak lanjut, namun demikian Pansus BA 14 yang menangani hal ini meminta kepada SKP untuk menyampaikan sejauh mana tindak lanjut yang sudah dilakukan. Dalam hal ini dinas perhubungan yang masuk dalam salah satu SKPD yang belum menyelesaikan kewajibannya tahun 2009 menyampaikan bahwa trans jogja memang masih banyak yang belum terlaksana dengan optimal dan menurut temuan dari BPK RI hal ini perlu untuk ditingkatkan lagi. Saat ini dinas perhubungan sedang menindak lanjuti hal ini untuk lebih mengoptimalkan kinerja dan operasi dari trans jogja. Salah satu yang sudah di lakukan oleh dinas perhubungan adalah saat ini trans jogja sudah ada penasehat hukumnya guna untuk konsultasi langkah-langkah apakah yang yang harus di ambil untuk meningkatkan kwalitas trans jogja.
Menanggapi hal ini Rio Erwin Setiawan salah satu anggota dari komisi C ( bidang pembangunan ) yang menghadirirapat tersebut mengatakan dari temuan BPK RI dinas perhubungan mengalami kerugian, apakah dinas perhubungan sudah melaporkan kerugian tahun 2009. Dan yang kedua dalam proses pelaksanaan trans jogja komisi C tidak pernah mendapat laporan sehingga dalam pengawasanya sangat repot, dan seharunya pekerjaan itu di anggap selesai jika sudah ada berita acara yang menyatakan bahwa program tersebut sudah selesai. Ia juga mengatakan ada selter trans jogja yang belum selesai tetapi sudah di operasikan dan rencana menghibahkan bus keperusahan saya tidak setuju, ungkapnya.
Esti Wijayati, juga menambahkan bahwa trans jogja merupakan fasilitas yang memang harus ada karena ini sangat mendukung sistem yang lain yang dapat menambah pendapatan daerah, misalnya pariwisata dan kalangan bisnis, oleh sebab itu sudah seharusnya trans jogja ini harus di operasikan secara maksimal, jika memang membutuhkan dana dalam penyelesaiannya pemerintah akan memberikan dana tersebut tetapi dana tersebut juga harus direalisasikan dengan benar dan harus selesai sampai batas waktu yang di tentukan.
Dalam menanggapi pertanyaan yang di sampaikan oleh anggota pansus BA.14 dinas perhubungan mengatakan bahwa selter yang belum selesai sudah beroperasi ini adalah agar lebih cepat beroperasi, dengan beroperasinya selter tersebut diharapkan dapat lebih cepat selesai karena selter tersebut walaupun beroperasi tetapi juga proses penyelesaian selter tersebut tetap berjalan.
Menanggapi hal ini Drs.Agus Mulyono MM mengatakan bahwa perlu ada peraturan yang mengatur mengenai pengelolaan asset, karena jika tidak ada peraturan yang mengatur hal ini kejadian semacam ini akan terus berlanjut dari tahun ke tahun.
